(一)本罪與非法轉讓、倒賣土地使用權罪的界限本罪與非法轉讓、倒賣土地使用權罪都是與土地管理有關的犯罪二者的不同在於，(1)客體不同本罪侵害的是國家對土地特別是農用地進行保護的管理制度;而非法轉讓、倒賣土地使用權罪侵害的則是國家對土地使用權合法轉讓的管理制度
(2)犯罪客觀方面不同非法佔用農用地罪是結果犯，表現為違反土地管理法規，非法侵佔農用地，數量較大，造成大量農用地毀壞的行為非法轉讓、倒賣土地使用權罪則是情節犯，表現為違反土地管理法規，實施了非法轉讓、倒賣土地使用權，情節嚴重的行為其中非法轉讓土地使用權，是指以買賣以外的其他形式非法轉移土地使用權的行為，也即未按國家法律規定程式辦理徵用或者劃撥手續的行為，或者末按規定許可權辦理審批手續的土地轉讓的行為倒賣土地使用權，包括毫不掩飾和明碼標價地將土地賣給他人，而收取價款和以某種形式掩蓋其土地買賣的實質而將土地賣給他人的兩種行為方式
(3)對二者的處罰雖都採取了判處有期徒刑和罰金的刑罰方法，但前者沒有明確確定的罰金標準;而後者則採取的是倍比罰金制的方式以確定罰金的標準。
