區別如下：
兩者的法律依據不同：免予刑事處罰所依據的是《刑法》第三十七條的規定，而無罪判決所依據的是《刑事訴訟法》第一百六十三條的規定。一個是實體法，一個為程式法。
兩者的法律後果不同：“免予刑事處罰”是人民法院認定一種行為構成犯罪，但因犯罪情節輕微，而判決免予刑罰的一種處罰。而無罪判決的法律後果是：當嫌疑人被羈押的，應當立即釋放。無罪，當然就無需承擔刑事責任，不受刑事處罰。
《刑事訴訟法》第一百六十三條 在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，並且通知原批准逮捕的人民檢察院。
《刑法》第三十七條 對於犯罪情節輕微不需要判處刑罰的，可以免予刑事處罰，但是可以根據案件的不同情況，予以訓誡或者責令具結悔過、賠禮道歉、賠償損失，或者由主管部門予以行政處罰或者行政處分。
