證明被告人有罪的責任由控訴方承擔的原因：
一是我國刑訴法第十二條規定：“未經人民法院依法判決，對任何人都不得確定有罪。”這一原則的重要內容之一就是舉證責任由控訴方承擔。控訴方指控被告人犯罪，必須提供相應的證據事實加以證明，而且這種證明必須達到犯罪事實清楚，證據確實充分的標準。如果控訴方不能證明被告人有罪，被羈押的被告人就要無罪釋放。
二是被告人有罪的主張不是被告人提出的，而是啟動者提出的。讓被動捲入刑事訴訟中的被告人承擔舉證責任違背公平正義原則。三是讓被告人承擔證明自己無罪的責任，會使每個公民都面臨刑事被追訴的風險。無罪無需證明。
關於舉證責任的規定對公安機關的影響。本條雖然沒有規定公安機關承擔舉證責任，但是現代刑事訴訟除了自訴案件外，不經偵查無法起訴，所以公安機關需要承擔收集證據的責任。這就意味著公安機關認為某人涉嫌犯罪，需要建立在證據基礎之上。構成涉嫌犯罪的證據，應當由公安機關提出，犯罪嫌疑人有為自己行為辯解的權利。雖然對犯罪嫌疑人進行訊問也是收集證據的行為，但是對犯罪嫌疑人口供的收集不能違反刑訴法第五十條，即“不得強迫任何人證實自己有罪”。
收集證據具有以下要求：
(1)合法。刑事訴訟法第50條規定，審判人員、檢察人員、偵查人員必須依照法定程式，收集能夠證實犯罪嫌疑人、被告人有罪或者無罪、犯罪情節輕重的各種證據。嚴禁刑訊逼供和以威脅、引誘、欺騙以及其他非法方法收集證據，不得強迫任何人證實自己有罪。必須保證一切與案件有關或者瞭解案情的公民，有客觀充分地提供證據的條件，除特殊情況外，可以吸收他們協助調查。關於收集證據的法定程式，刑事訴訟法第113—152條對如何訊問犯罪嫌疑人，詢問證人、被害人，勘驗、檢查、搜查，扣押書證、物證，鑑定，技術偵查等，都作了明確的具體規定。公安司法人員只有嚴格地執行這些規定，收集來的證據才有合法性。
(2)及時。收集證據是一項時間性很強的工作。公安司法機關在受理案件後，只有及時主動地調查收集證據，才能提高案件偵破率和辦案效率，保證辦案質量。
(3)客觀全面。客觀性是指必須從案件的實際情況出發，尊重客觀事實，要按照證據的本來面目如實收集。全面性是指要全面調查、全面收集與案件有關的證據內容。既要收集證明犯罪嫌疑人、被告人有罪和罪重的證據，又要收集證明犯罪嫌疑人、被告人無罪、罪輕或免除其刑事責任的證據。
(4)深入細緻。深入主要是指深入到案件實際中去，深入到群眾中去，調查研究，收集一切與案件有關的證據，掌握證據與案件的內在聯絡。細緻主要是指精密觀察，詳細查問，不放過任何蛛絲馬跡和可疑線索。
對於已經收集到的證據材料，必須通過法定的有效方法妥善儲存，以保持證據真實性和證明力。
(1)對於證人證言、被害人陳述、犯罪嫌疑人、被告人的供述和辯解，主要採用筆錄和錄音、錄影的方法加以保全。錄音、錄影的製作人不得少於2人，應當附有關於製作過程的文字說明，並由製作人簽名或蓋章。筆錄的記錄入必須具有法定資格，符合法定程式和要求，如實記錄陳述的內容，並經陳述人核對無誤逐頁簽名後才合法有效。
(2)對於一般物證，應當開列清單附卷儲存，移送案件時，隨同案件一併移送。對於不宜附卷儲存的物證，或者是不宜隨案移送的物證，除對原物採用妥善方法儲存外，應當採用拍照、製圖、複製、錄影等方法予以保全，並且用文字詳細說明物證的性質、特徵和形狀，收取的時間、地點、經過，以及與案件之間的聯絡等情況。
(3)對於各種痕跡應當採用不同的方法予以保全。可以用石膏溶液製成模型來保全足跡，可以用矽橡膠或可塑性橡皮來保全遺留痕跡，還可以用照相或錄影的方法來保全痕跡，等等。總之，對各種痕跡證據所採用的保全方法要能夠防止其變質、變形或被汙染、毀損，才為有效。
在我國採取的是不告不理，如果不向法院進行起訴，該案件便不會進行審理，所以公訴案件是檢察院或者公安機關代表國家起訴，所以有檢察院或者公安機關提供證據，而自訴案件一般由受害者自身或者家屬起訴，但是在案件偵破過程需要公安機關，所以由公安機關提供。
