一、檢察機關審查起訴時發現新罪怎麼處理?
檢察院在審查起訴階段發現有新的犯罪事實，在事實清楚、證據充分的情況下，可以直接起訴，或者退回公安機關補充偵查，屬於檢察院管轄範圍內的自行偵查。
相關規定：《刑事訴訟法》第一百七十一條 人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認為可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
二、補充偵查現分為兩類：
審查起訴階段的補充偵查
《刑事訴訟法》第一百七十一條規定：“人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對於補充偵查的案件，應當在1個月以內補充偵查完畢。補充偵查以2次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。對於補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定。 ”
1.補充偵查的情況有兩種。即如果是由公安機關偵查終結，人民檢察院審查之後，需要補充偵查時，既可以決定將案件退回公安機關補充偵查，也可以決定自行偵查，必要時可以要求公安機關協助。但是，如果是人民檢察院自行偵查終結的案件需要補充偵查的，則不能退由公安機關補充偵查。
2.根據《刑事訴訟法》第 140條及最高人民檢察院《規則》第268條和第269條規定，對於退回公安機關補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢;人民檢察院審查起訴的期限從案件補充偵查完畢移送起訴之日起重新計算。人民檢察院審查起訴中決定自行偵查的，應當在審查起訴期限內偵查完畢。
3.補充偵查的次數不得超過2次。這既指退回公安機關補充偵查的案件，也包括人民檢察院決定退回偵查部門補充偵查的案件。
4.經過補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。目的在於維護犯罪嫌疑人的合法權益，防止案件久拖不決，提高訴訟效率。 (《刑事訴訟法171條第四款)
一般來說，如果再進行審查起訴的時候，檢察院對犯罪嫌疑人所犯的罪行發現不止一件事有兩種選擇，一種是將犯罪嫌疑人退回至公安機關，由公安機關重新對案件進行相關的審理。或者是直接通知公安機關對案件準備好相關的證據，然後在法庭上直接對犯罪嫌疑人進行相關的起訴。
