首先，按規定，國家機關和事業單位工作人員被羈押期間停發工資。除此之外，對於其他員工，涉嫌犯罪被有關機關收容審查、拘留或逮捕的，公司在員工被限制人身自由期間內，可以暫停繼續履行勞動合同，其中包括按時發放工資。
其次，員工被停發工資之後，後又被宣判無罪的根據不同物件處理如下：
1、國家機關和事業單位工作人員
(1)未被勞動教養或治安拘留，單位也未給予行政紀律處分的，由原單位補發其被羈押期間的工資、獎金、津貼、補貼;
(2)未被勞動教養或治安拘留，單位給予行政紀律處分的，其被羈押期間的工資按照被取保候審和監視居住的工資處理辦法執行;
(3)被勞動教養、治安拘留的，被羈押期間減發和扣發的工資、獎金、津貼、補貼不予補發。法院免予追究刑事責任的，被羈押期間減發和扣發的工資、獎金、津貼、補貼也不予補發。
2、其他員工
員工經證明被錯誤限制人身自由的，被暫停履行勞動合同期間給員工造成的損失，可以要求有關機關賠償。
最後，一般地，員工被羈押期間，不僅意味著被限制人身自由，還沒法繼續履行合同義務，所以一旦確定無罪的，那麼即可以依法獲得國家賠償。並且，對於工資損失，不能直接找公司，而是要找賠償機關，若是被拒絕賠償的，必要時可以申請行政複議或是提起行政訴訟。
《勞動法》第四十六條
工資分配應當遵循按勞分配原則，實行同工同酬。 工資水平在經濟發展的基礎上逐步提高。國家對工資總量實行巨集觀調控。
