1、“個人所得稅”軟體上顯示兩家公司任職資訊一般是合法，因為公司的職員也有可能同時在其他單位任職。但若是個人所得稅裡面顯示兩家公司，其中一家是自己從沒聽說過的公司，那麼另一個公司的行為就非法用該職員的身份資訊報稅了，可以向稅務局反映。
2、稅務局查到某特定的職員兩份工資的處理辦法
應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內申報納稅。
依據《中華人民共和國個人所得稅法》第十三條規定：納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，並繳納稅款。納稅人取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年六月三十日前，繳納稅款;稅務機關通知限期繳納的，納稅人應當按照期限繳納稅款。
居民個人從中國境外取得所得的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內申報納稅。非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得的，應當在取得所得的次月十五日內申報納稅。納稅人因移居境外登出中國戶籍的，應當在登出中國戶籍前辦理稅款清算。
二、個人所得稅報稅流程：
個人所得稅報稅方式有兩種：直接到稅務機關申報和郵寄申報，下面小編將分別從這兩種方式進行講解：
(一)個人直接到稅務機關申報
納稅人直接到主管稅務機關申報，又分為三種情況，下面將分別講解：
1、申報無徵稅、補稅、退稅、抵稅
該申報流程適用於納稅人在納稅年度內已足額繳納個人所得稅，年度終了後年度納稅申報時，納稅人只需要辦理申報事宜，不需要另行辦理徵稅、補稅、退稅、抵稅等事宜。
(1)納稅人到主管稅務機關辦稅服務廳領取紙質《個人所得稅納稅申報表(適用於年所得12萬元以上納稅人申報)》
(2)納稅人按照填表要求填寫申報表一式兩份。
(3)納稅人直接將申報表、身份證件影印件提交給主管稅務機關辦稅服務廳。
(4)納稅人留存一份申報表備查。
2、申報徵稅、補稅
該申報流程適用於納稅人在納稅年度內沒有足額繳納個人所得稅，年度終了後年度納稅申報時，納稅人還需要辦理徵稅、補稅事宜。
(1)納稅人到主管稅務機關辦稅服務廳領取紙質《個人所得稅納稅申報表(適用於年所得12萬元以上納稅人申報)》
(2) 納稅人按照填表要求填寫申報表一式兩份。
(3)納稅人直接將申報表、身份證件影印件提交給主管稅務機關辦稅服務廳。
(4) 納稅人執稅務機關開具的稅收繳款書繳納稅款。
(5)納稅人留存一份申報表備查。
3、申報退稅、抵稅
該申報流程適用於納稅人在納稅年度內多繳個人所得稅，年度終了後年度納稅申報時，納稅人可選擇申請當期退稅或是申請多繳稅金留作下期繳納個人所得稅時抵減。
(1)納稅人到主管稅務機關辦稅服務廳領取紙質《個人所得稅納稅申報表(適用於年所得12萬元以上納稅人申報)》
(2)納稅人按照填表要求填寫申報表一式兩份。
(3)納稅人提交以下資料給主管稅務機關。
1)當期個人所得稅申報表;
2)個人有效身份證件影印件;
3)多繳稅款屬自行申報的，多繳稅款所屬時期的納稅申報表影印件;多繳稅款屬代扣代繳的，扣繳義務人對納稅人多繳稅款所屬時期實際應稅收入情況的書面證明;
4)證明已納稅的個人所得稅完稅憑證(含稅收繳款書、完稅證明、代扣代收稅款憑證等)原件及影印件(稅務機關核對原件與影印件無誤後，將原件退回納稅人);
5)《退(抵)稅申請審批表》;
6)主管稅務機關規定的其他資料。
4、稅務機關經稽核無誤後作退稅或抵稅處理，納稅人執稅務機關退回申報表備查或下期抵稅申報。
(二)郵寄申報
郵寄申報目前只適用於申報無徵稅、補稅、退稅、抵稅的情況。
1、納稅人到主管稅務機關辦稅服務廳領取《郵寄納稅申報申請書》，填寫完畢後，交主管稅務機關備案，同時主管稅務機關向納稅人提供郵寄申報所需的稅務機關地址、郵編及收件人。
2、納稅人到主管稅務機關辦稅服務廳領取紙質《個人所得稅納稅申報表(適用於年所得12萬元以上納稅人申報)》
3、納稅人按照填表要求填寫申報表。
4、納稅人將申報表、身份證件影印件裝入信封，以掛號信函的方式郵寄到稅務機關，在信封上填寫主管稅務機關提供的稅務機關地址、郵編及收件人，並在收件人下方位置填寫“個人所得稅納稅申報”字樣。
5、納稅人向郵政部門索取收據作為申報憑據。
納稅人年度納稅申報並向主管稅務機關提供相應已納稅完稅憑證等資料後，可向主管稅務機關提出開具完稅證明，主管稅務機關經稽核無誤後應當開具。
在納稅之前，是需要做納稅申報的，若沒有達到納稅的標準的，就可以不用繳納相應的稅額。對於稅務局查到某特定的職員，同時在兩個公司任職資訊的情形，若是總的收入超過了納稅標準，那麼也是需要按照流程納稅的。
