根據法律規定，9月3日不算是法定節假日，但是如果在該日加班，公司應當支付加班費。
《中華人民共和國勞動法》規定
第四十一條用人單位由於生產經營需要，經與工會和勞動者協商後可以延長工作時間，一般每日不得超過一小時;因特殊原因需要延長工作時間的，在保障勞動者身體健康的條件下延長工作時間每日不得超過三小時，但是每月不得超過三十六小時。
第四十二條 有下列情形之一的，延長工作時間不受本法第四十一條的限制：
(一)發生自然災害、事故或者因其他原因，威脅勞動者生命健康和財產安全，需要緊急處理的;
(二)生產裝置、交通運輸線路、公共設施發生故障，影響生產和公眾利益，必須及時搶修的;
(三)法律、行政法規規定的其他情形。
第四十三條 用人單位不得違反本法規定延長勞動者的工作時間。
第四十四條 有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高於勞動者正常工作時間工資的工資報酬：
(一)安排勞動者延長工作時間的，支付不低於工資的百分之一百五十的工資報酬;
(二)休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低於工資的百分之二百的工資報酬;
(三)法定休假日安排勞動者工作的，支付不低於工資的百分之三百的工資報酬。
