在工程分包的情況下,總承包方應按合同總金額減去支付給分包方的價款後的餘額計算並繳納營業稅,分包方應對分包方完成的分包金額承擔相應的納稅義務。
根據《國家稅務總局關於印發<建築安裝業個人所得稅徵收管理暫行辦法>的通知》：
一、從事建築安裝業的工程承包人、個體戶及其他個人為個人所得稅的納稅義務人。其從事建築安裝業取得的所得，應依法繳納個人所得稅。
二、關於具體徵收方式，對未設立會計賬簿，或者不能準確、完整地進行會計核算的單位和個人，主管稅務機關可根據其工程規模、工程承包合同（協議）價款和工程完工進度等情況，核定其應納稅所得額或應納稅額，據以徵稅。而具體核定辦法由縣以上（含）縣級稅務機關制定。
