建築工程補充合同與主合同結算單價不一致怎麼辦

依據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定，當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。
《民法典》第四百六十五條 依法成立的合同，受法律保護。
依法成立的合同，僅對當事人具有法律約束力，但是法律另有規定的除外。