環境行政處罰案件儲存期限一般要至少要儲存30年，儲存30年後向社會開放，公民可以查閱檔案。根據《中華人民共和國檔案法》第十九條國家檔案館保管的檔案，一般應當自形成之日起滿三十年向社會開放。經濟、科學、技術、文化等類檔案向社會開放的期限，可以少於三十年，涉及國家安全或者重大利益以及其他到期不宜開放的檔案向社會開放的期限，可以多於三十年，具體期限由國家檔案行政管理部門制訂，報國務院批准施行。
檔案館應當定期公佈開放檔案的目錄，併為檔案的利用創造條件，簡化手續，提供方便。
中華人民共和國公民和組織持有合法證明，可以利用已經開放的檔案。
二、行政處罰執行程式
行政處罰執行程式有三個主要內容：一是罰款決定機關與收繳罰款機構相分離的制度，在行政處罰決定作出後，作出罰款決定的行政機關及其工作人員不能自行收繳罰款，而由當事人自收到處罰決定書之日起15日內到指定的銀行繳納罰款，銀行將收繳的罰款，直接上繳國庫。這一制度也有例外，在存在以下情況時可以當場收繳罰款：
(1)依法給予二十元以下的罰款的;
(2)不當場收繳事後難以執行的;
(3)在邊遠、水上、交通不便地區，當事人向指定的銀行繳納罰款確有困難，經當事人提出，行政機關及其執法人員可以當場收繳罰款。二是嚴格實行收支兩條線，對於收繳的罰款必須全部上交財政，財政部門不得以任何形式向作出行政處罰的機關返還這些款項的全部或部分。
三是強制執行，為確保行政處罰決定的執行，行政機關可以對在法定的期限內無正當理由逾期不履行義務的當事人採取以下措施：
(1)到期不繳納罰款的，每日按罰款數額的百分之三加處罰款;
(2)根據法律規定，將查封、扣押的財物拍賣或者將凍結的存款劃撥抵繳罰款;
(3)申請人民法院強制執行。
行政處罰案件檔案的管理，是需要嚴格基於上述法律規定來進行認定的，行政機關的工作人員在對有關行政違法事項作出處罰後，要根據實際來作出行政處罰決定，並整理相關的檔案資料，按照有關管理的程式來儲存處理。
