無效合同自始沒有法律約束力，不能產生當事人預期的法律後果。根據我國合同法的規定，無效合同的法律後果之一是返還財產，恢復原狀。但由於建築工程施工合同履行結果的特殊性，往往是承包方已經通過施工建設使得建築材料已經形成在建工程或者甚至是竣工的建築工程了。因此建築工程施工合同無效的情況下，返還財產不太可能性，因此司法解釋制定了相對靈活的解決方案：
(一)參照合同約定支付工程價款
根據最高人民法院《關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定，建設工程施工合同無效，但建設工程經竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支援。
這裡要充分注意，只是“參照合同約定支付工程價款”，而非“按照”合同約定支付工程價款。也就是說支付的工程款不一定是實現約定的那個金額，也沒有以工程定額為標準，通過鑑定確定建設工程價值的補償原則。在這裡，司法解釋制定者是採用“折價補償”的方式處理無效合同的。
(二)承包人承擔修復費用
根據最高人民法院《關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定，如果建設工程施工的建設工程施工合同無效，且建設工程經竣工驗收不合格，但是修復後的建設工程經竣工驗收合格的，發包人請求承包人承擔修復費用的，法院應予支援。
(三)不予支付工程款
根據最高人民法院《關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定，如果建設工程施工的建設工程施工合同無效，修復後的建設工程經竣工驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支援。
(四)發包人按照過錯承擔相應的民事責任
根據最高人民法院《關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定，因建設工程不合格造成的損失，發包人有過錯的，也應承擔相應的民事責任。
(五)收繳當事人已經取得的非法所得
根據最高人民法院《關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定，在承包人非法轉包、違法分包建設工程或者沒有資質的實際施工人借用有資質的建築施工企業名義與他人簽訂建設工程施工合同，導致建設工程施工合同無效的，人民法院可以根據民法通則第一百三十四條規定，收繳當事人已經取得的非法所得。
(六)施工中取得資質的，按照有效合同處理
在超越資質等級的建設工程施工合同無效的場合下，如果承包人簽約之時超越資質等級許可的業務範圍簽訂建設工程施工合同，但是在建設工程竣工前取得相應資質等級，當事人請求按照無效合同處理的，法院不予支援。
