當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應該以時間在後的約定條款為準執行。所以，補充合同的效力優於主合同的效力。
時間在後的約定，實際上是對主合同的原約定的重新修訂，該新約定是補充合同的精要和實質。
如果仍以主合同的原條款為準執行，那就失去了補充合同存在的意義。
補充協議是對原合同的補充或者變更，一般要明確約定，如果補充協議條款與原合同不一致或發生衝突時，應當與補充協議為準，但原合同明示不得變更的條款，補充協議中對該條款發生的變更則不發生法律效力。
補充協議對主合同補充太多的新約定，則該補充合同就難以稱之為補充合同了。
補充協議對主合同修改得太多，超過了適當的量，或補充協議對主合同的實質要件進行了較大的補充修改。
比如對價格條款，技術標準，履約期限等約定進行了不利於其中一方的修改，這也不能稱之為補充協議。
這些補充和修改已經符合合同變更的要求，應該稱之為合同變更。
當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應該以時間在後的約定條款為準執行。
時間在後的約定，實際上是對主合同的原約定的重新修訂，該新約定是補充合同的精要和實質。
如果仍以主合同的原條款為準執行，那就失去了補充合同存在的意義。
合同“補充協議”或者稱為“協議補充”，是指當事人對於合同中的內容沒有約定或者約定不明確的，而達成的協議。“補充協議”是相對於已經存在的合同而言的，“協議補充”就是通過協議方式補充已經存在的合同中存在的漏洞。因此，已經存在的合同與“補充協議”之間是主從關係。
已經存在的合同是主合同，“補充協議”是從合同。已經存在的合同作為主合同不以“補充協議”的存在為前提，或者說不受“補充協議”的制約而獨立存在。反之，“補充協議”必須以已經存在的合同的存在為前提，自身不能獨立存在。儘管“補充協議”相對於主合同而言沒有獨立性，但是其本身也是協議。因此，“補充協議”的成立和生效與主合同的成立和生效的依據相同。
在雙方當事人之間協商一致簽訂補充合同之後，原合同的一些內容條款就會發生變化，雙方當事人之間的權利義務也會隨之變化，補充合同因為是在原合同之後簽訂的，更能體現雙方當事人之間的意思，所以一般以補充合同的內容條款為準。
