在借款合同發生糾紛時，應按如下方法進行處理：
1、選擇恰當解決糾紛的方式如果協商不成，可以直接向人民法院起訴或仲裁機構申請仲裁。
2、注意解決借款合同糾紛的期限根據《民事訴訟法》的規定，解決借款合同的糾紛適用三年訴訟時效的限制。
3、應注意的其他事項。
《民法典》第一百八十八條向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。
訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。
