有勞動糾紛公司可以進行清算。
《勞動人事爭議仲裁辦案規則》第八條：
發生爭議的用人單位被吊銷營業執照、責令關閉、撤銷以及用人單位決定提前解散、歇業，不能承擔相關責任的，依法將其出資人、開辦單位或主管部門作為共同當事人。
勞動爭議主體即勞動爭議的當事人，包括勞動者和用人單位，是勞動法律關係中權利的享有者和義務的承擔者。如果在勞動爭議過程中企業已進入清算階段，則勞動者應將清算組作為爭議的主體。根據最高人民法院《關於審理企業破產案件若干問題的規定》第五十條第(八)項規定，清算組可“代表破產企業參加訴訟和仲裁活動”。清算組即清算機構，是企業經營終止後執行清算事務並代表企業行使職權的權務機構，它負責企業清算期間的一切事宜。也就是說，如果勞動爭議發生時，用人單位進入破產清算，那麼勞動者在選擇相對一方主體的時候應當直接將清算組列為被申請人。
