存貨餘額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣。減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。
企業依法登出同時取消增值稅一般納稅人資格，說明企業將不再存續，此時清算應注意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售。
賬面庫存在登出時由清算組作處理：對外銷售、分配給股東、抵債等，都需要確認銷售確認增值稅銷項稅額。增值稅一般納稅人登出時，有庫存商品，該部分庫存商品已抵扣的進項稅額，不做轉出處理。
法律依據《公司法》。
