視具體情況而定。如果分公司辦理了稅務登記，則其為獨立的增值稅納稅人，應單獨申報繳納增值稅。如果經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批准，未辦理稅務登記，則由總機構彙總繳納增值稅。
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條 增值稅納稅地點：
（一）固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批准，可以由總機構彙總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。
（二）固定業戶到外縣（市）銷售貨物或者勞務，應當向其機構所在地的主管稅務機關報告外出經營事項，並向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅；未報告的，應當向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅的，由其機構所在地的主管稅務機關補徵稅款。
（三）非固定業戶銷售貨物或者勞務，應當向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅的，由其機構所在地或者居住地的主管稅務機關補徵稅款。
（四）進口貨物，應當向報關地海關申報納稅。扣繳義務人應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報繳納其扣繳的稅款。
