總分公司根據自己訂立的的合同性質的憑證分別繳納印花稅。如果分公司有在工商部門註冊的營業執照的情況下，就可以獨立從事民事生產經營活動，原則上是可以獨立對外簽訂合同的，因此，有獨立的合同，就要和總公司分開，獨立繳納印花稅。
《國家稅務總局關於企業集團內部使用的有關憑證徵收印花百稅問題的通知》
第一條
對於企業集團內具有平等法律地位的主體之間自願訂立、明確雙方購銷關係、據以供貨和結算、問具有合同性質的憑證,應按答規定徵收印花稅。對於企業集團內部執行計劃使用的、不具有合同性質的憑專證,不徵收印花稅。根據上述規定,分公司與分公司之間簽訂的具有合同性質的憑證,應當按規定繳納印屬花稅。
