企業收購簽訂保密協議後的流程主要是：
1、獲得標的資訊(專案源)
通過社會關係、中介機構等專案來源獲得標的公司的資訊，有的公司會有詳細的商業計劃書。
2、初步接洽
初步判斷專案大致靠譜，即派出人員和標的公司進行接洽，通過訪談、走訪獲得初步的資訊和資料，此階段可能會發放《初步調查問卷》，系統地獲得標的的淺層資訊，此階段一般已簽署《保密協議》。
3、內部立項
根據資訊內部開個立項會議，決定是否投入資源盡調，進一步推動專案。
4、簽署框架協議
就核心商務條款進行談判，簽署框架協議。框架協議條款詳見桂曙光《Term sheet 條款詳解》系列。
5、全面盡職調查
從業務、財務、法律三個方面對標的進行入場盡職調查。包括高管訪談、走訪、查驗法律資料、審計等等。
6、投資決策
根據盡調情況撰寫《盡調報告》《投資建議書》，上投資決策會拍板。
7、簽署正式投資併購協議
投資決策通過後，簽署正式的投資協議。此過程中還要進行商務談判，就合同的各個細節進行落實，包括交易的流程、結構等詳細內容。
8、處理併購後工商變更等事宜
包括協議生效需要的三會決議，公證見證，資金的流轉(可能開共管賬戶)、工商變更，企業管理權交接，管理權交接時點的清產核資，達到資訊披露標準，需要公告，達到董事會決策標準，需要上董事會並公告。
9、併購整合
併購完成後對併購標的進行業務整合，包括人員、業務、財務、資產、品牌、IT系統等等進行梳理和整合。
二、公司資產、負債以及所有者權益等問題
在決定收購公司時，要關注公司資產的構成結構、股權配置、資產擔保、不良資產等情況。
第一、在全部資產中，流動資產和固定資產的具體比例需要分清。在出資中，貨幣出資佔所有出資的比例如何需要明確，非貨幣資產是否辦理了所有權轉移手續等同樣需要弄清。
第二、需要理清目標公司的股權配置情況。首先要掌握各股東所持股權的比例，是否存在優先股等方面的情況;其次，要考察是否存在有關聯關係的股東。
第三、有擔保限制的資產會對公司的償債能力等有影響，所以要將有擔保的資產和沒有擔保的資產進行分別考察。
第四、要重點關注公司的不良資產，尤其是固定資產的可折舊度、無形資產的攤銷額以及將要報廢和不可回收的資產等情況需要尤其重點考察。
同時，公司的負債和所有者權益也是收購公司時所應該引起重視的問題。公司的負債要分清短期債務和長期債務，分清可以抵消和不可以抵消的債務。資產和債務的結構與比率，決定著公司的所有者權益。
綜上所述，企業之間的經營會因為業務的需要或者其他客觀原因而通過出資購買將另一個小公司合併到自己的內部，但是企業的業務始終都需要保持私密而防止被他人知曉後會提前作出準備而最終損害權益，更需要注意的是要完成法律上的登記手續。
