一、核查重點
1、納稅人變更稅務登記，在股東發生變化時，主管稅務機關是否及時掌握股權轉讓合同或協議等相關資訊。
2、發生股權轉讓的納稅人在辦理企業所得稅年度申報時未按規定填寫涉及股權轉讓相關的附表，主管稅務機關彙算清繳時是否按規定進行稽核。
3、納稅人重組採取特殊性稅務處理，未按規定向主管稅務機關備案，主管稅務機關是否按一般稅務處理進行調整。
4、主管稅務機關是否對未滿足特殊性稅務處理條件的納稅人，及時按一般稅務處理進行調整。
5、滿足特殊性稅務處理條件的企業重組業務，其非股權支付確認的收益是否按規定徵收企業所得稅;是否按規定確認計稅基礎;是否按規定虧損彌補和享受稅收優惠。
6、是否建立股權轉讓企業所得稅管理臺賬，對股權轉讓實施鏈條式動態管理。
7、對非居民企業股權轉讓，是否按規定徵收預提所得稅並按規定進行管理。
8、選擇特殊重組後按規定採取申請確認方式的，股權轉讓方和受讓方是異地的，各自主管稅務機關之間是否建立資訊溝通和傳遞機制。
二、核查依據
1、《財政部、國家稅務總局關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009〕59號)。
2、《財政部、國家稅務總局關於企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009〕60號)。
3、《國家稅務總局關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》(國稅函〔2009〕698號)。
4、《國家稅務總局關於股權分置改革中上市公司取得資產及債務豁免對價收入徵免所得稅問題的批覆》(國稅函〔2009〕375號)。
5、《國家稅務總局關於釋出<企業重組業務企業所得稅管理辦法>的公告》( 國家稅務總局公告[2010]第4號)。
6、《國家稅務總局關於企業股權投資損失所得稅處理問題的公告》(國家稅務總局公告[2010]第6號)。
7、《國家稅務總局關於非居民企業所得稅管理若干問題的公告》( 國家稅務總局公告[2011]第024號)。
8、《國家稅務總局關於企業所得稅核定徵收有關問題的公告》(國家稅務總局公告【2012】第27號)。
9、《 國家稅務總局關於非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理有關問題的公告》( 國家稅務總局公告[2013]第072號)。
10、《財政部 國家稅務總局關於促進企業重組有關企業所得稅處理問題的通知》(財稅〔2014〕109號)。
11、《國家稅務總局關於加強股權轉讓企業所得稅徵管工作的通知》(稅總函〔2014〕318號)。
12、《財政部 國家稅務總局關於非貨幣性資產投資企業所得稅政策問題的通知》(財稅〔2014〕116號)。
13、《國家稅務總局 關於非居民企業間接轉讓財產企業所得稅若干問題的公告》(國家稅務總局公告[2015]第7號)。
14、《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》(國務院令第512號)第七十五條、第九十一條。
三、稅務機關容易出現的問題
1、稅務登記中發生投資方(股東)變更，未確認其中轄區內的股東企業是否存在相關股權轉讓所得或損失。
2、企業所得稅年度納稅申報表及附表《股權投資所得(損失)明細表》(2008版)或《企業重組納稅調整明細表》(2014版)有相關資料變化，或者資產負債表中“長期股權投資”年初與年末數發生變化，未開展相應的調查應對工作等。
3、工商部門、商務部門等第三方轉來明確的股權轉讓資訊，而稅務機關未對本轄區的股權轉出方及時調查確認相關股權轉讓行為是否存在股權轉讓所得或損失。
4、股權(或資產)收購、合併分立等活動中發生按平價(等於賬面價值)或折價(低於賬面價值)轉讓股權的行為較為多發，對於此類股權轉讓價格偏低的風險，稅務機關未開展相關後續管理或風險管理。
5、選擇特殊性稅務處理的股權轉讓相關重組，主管稅務機關未按規定進行稽核和後續管理。
四、核查資料
(一)一般性處理資料(向企業或主管稅務機關獲取)
1、當事各方所簽訂的股權(或資產)收購合同或協議、合併分立合同或協議。
2、工商部門批准的股權變更、合併分立事項證明材料。
3、商務部門批准的外商股東變更、外企合併分立等證明材料。
4、股權、資產公允價值的合法證據或資產評估報告。
5、企業相關股權、資產和負債的計稅基礎資料。
6、企業股權轉讓所得的確認計算和徵收入庫資料。
(二)特殊性處理資料(稅務機關提供)
1、當事方的股權(資產)收購、合併分立業務總體情況說明，情況說明中應包括合理商業目的內容。
2、雙方或多方所簽訂的股權(資產)收購、合併分立業務合同或協議。
3、當事各方的股權架構圖或關聯關係等證明資料。
4、工商等部門核准相關企業股權變更、合併分立事項證明材料。
5、評估機構出具的股權、資產公允價值評估報告。
6、特殊性稅務處理需報送的資料：包括股權比例、資產比例、支付對價情況，以及12個月內不改變資產原來的實質性經營活動和原主要股東不轉讓所取得股權的承諾書等。
7、企業相關股權、資產和負債的計稅基礎資料。
(三)稅務機關管理資料
1、股權轉讓相關企業所得稅管理臺賬或清冊。
2、股權轉讓資訊的採集管理工作資料。
3、特殊性稅務處理股權交易事項的稅務機關稽核資料。
五、督察方法
(一)稅務機關管理資料查詢
1、查詢稅務機關的股權轉讓企業所得稅管理臺賬，掌握股權轉讓資訊採集、案件處理和後續管理等整體狀況，篩選疑點案件資訊。
2、查詢稅務機關股權轉讓資訊管理制度措施，稅務機關從工商、商務等部門獲取的第三方股權轉讓資訊，以及從公開市場獲取的股權轉讓資訊，是否進行調查確認，篩選疑點資訊。
3、查詢稅務機關對受理的股權轉讓特殊性稅務處理案件的處理情況，包括各級稽核資料、後續處理情況等，篩選存在明顯瑕疵的疑點案件。
(二)具體案件核查方法
1、檢視股權(資產)收購、合併分立合同或協議，掌握企業重組方案。
2、檢視工商、商務等部門核准相關企業股權變更、合併分立事項等證明材料，確認其中本轄區內的股東是否按規定申報股權轉讓所得或損失。
3、檢視納稅人是否提供了資產評估報告。
4、檢視企業股權、資產和負債的計稅基礎相關資料，計稅基礎是否按政策規定進行確認。
5、檢視股權轉讓收入實現的時點確認是否符合規定，資產評估報告的時點與股權轉讓收入實現的時點差異是否合理。
6、股權轉讓所得計算採用的貨幣幣種、時點匯率等是否符合規定。
7、涉及非居民企業股權轉讓的，轄區內扣繳義務人是否履行扣繳義務。
8、檢查符合特殊性稅務處理的資料是否齊全，重點分析企業的“合理商業目的”是否存在明顯不合理的情形。
9、專門從事股權(股票)投資業務的企業，不得核定徵收企業所得稅。通過稅收徵管系統核查是否存在不得核定徵收的情況。
我國若干法規規定了股權轉讓企業所得稅核查的核查依據，在這些法律依據中，可以明確看出轉讓股東該發生變化的納稅人需要依法徑行變更稅務登記，且必須合法轉讓。核查納稅是個繁瑣的工作，也要求稅務機關工作人員需要有嚴謹的工作態度，按照核查資料進行排除未納稅現象。
