法院能否查封被告在其他公司名下的股權嗎

可以。對被執行人在其他股份有限公司中持有的股份憑證可扣押。
【法律依據】
《最高人民法院關於人民法院執行工作若干問題的規定》規定：對被執行人在其他股份有限公司中持有的股份憑證（股票），人民法院可以扣押，並強制被執行人按照公司法的有關規定轉讓，也可以直接採取拍賣、變賣的方式進行處分，或直接將股票抵償給債權人，用於清償被執行人的債務。