一、變更稅務登記義務
股權轉讓行為必然產生公司股東的變更。不少公司知道股東變更要到工商行政管理機關辦理變更登記，但疏忽了到稅務機關辦理變更登記。
根據《稅務登記管理辦法》第十九條 規定，納稅人已在工商行政管理機關辦理變更登記的，應當自工商行政管理機關變更登記之日起30日內，向原稅務登記機關如實提供下列證件、資料，申報辦理變更稅務登記：
（一）工商登記變更表及工商營業執照；
（二）納稅人變更登記內容的有關證明檔案；
（三）稅務機關發放的原稅務登記證件（登記證正、副本和登記表等）；
（四）其他有關資料。
二、股權轉讓納稅義務
1、印花稅
股權轉讓行為發生頻率不高，不少納稅人尚不知道股權轉讓書據需要貼花。而實際上，印花稅作為一種行為稅，只要納稅人書立、領受《中華人民共和國印花稅暫行條例》列舉的應稅憑證，就必須貼花。股權轉讓所立的書據便屬於印花稅徵稅稅目。
（1）適用稅目。根據《關於印花稅若干具體問題的解釋和規定的通知》第十條解釋，企業股權轉讓所立的書據屬於“產權轉移書據”稅目中“財產所有權”轉移書據的徵稅範圍。
（2）稅率。根據《中華人民共和國印花稅暫行條例》附件規定，產權轉移書據的稅率為：按所載金額萬分之五貼花。
（3）納稅義務人。納稅義務人為立據人，即轉讓人和受讓人。
（4）納稅義務發生時間。《中華人民共和國印花稅暫行條例》第七條規定，應納稅憑證應當於書立或者領受時貼花。
（5）納稅舉例。某有限公司成立於2001年，原有自然人股東A、B兩個人，出資額分別為100萬元、150萬元，2011年5月6日分別於C自然人簽訂股權轉讓協議，採取平價轉讓，約定A將其中的50萬元轉讓給C,B將全部150萬元轉讓給C，則A、B、C三人分別應納印花稅50×5＝250元、150×5＝750元、（50+150）×5＝1000元。
2、個人所得稅
不少納稅人、扣繳義務人對於股權轉讓環節可能涉及個人所得稅納稅義務認識較為片面，以為只要自然人股東採取平價或低價形式轉讓股權，便沒有所得，無須申報繳納或扣繳個人所得稅；甚至有的受讓人不知道在向轉讓人（原自然人股東）支付股權轉讓款項時有扣繳其個人所得稅的義務，從而給徵納雙方增加不必要的成本、損失。現就相關政策作一梳理。
（1）適用稅目。《中華人民共和國個人所得稅法》（以下簡稱個人所得稅法）第二條第九項規定，財產轉讓所得應納個人所得稅。《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》（以下簡稱實施條例）第八條第九項規定，股權轉讓所得屬於財產轉讓所得專案。
（2）應納稅所得額的計算。實施條例第二十二條規定，財產轉讓所得按照一次轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的餘額，作為應納稅所得額。
就股權轉讓所得而言，其應納稅所得額=股權轉讓價-股權計稅成本-與股權轉讓相關的印花稅等稅費。
自然人股東股權轉讓價是自然人股東就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額，以其實際成交價為股權轉讓價。股權轉讓對價為實物的，應當按照取得憑證上所註明的價格計算,但憑證上所註明的價格明顯偏低或者無憑證的，由主管地方稅務機關參照當地的市場價格核定。
自然人股東股權轉讓完成後，轉讓方個人因受讓方未按規定期限支付價款而取得的違約金收入，屬於因股權轉讓而產生的收入。
股權計稅成本是指自然人股東投資入股時向企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓價金額。
（3）稅率。個人所得稅法第五條第五項規定，財產轉讓所得適用百分之二十的比例稅率。
（4）納稅義務人、扣繳義務人。個人所得稅法第八條規定，個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。對於股權轉讓來說，即以受讓人為扣繳義務人。
（5）納稅申報。實施條例第三十五條規定，扣繳義務人在向個人支付應稅款項時，應當依照稅法規定代扣稅款，按時繳庫，並專項記載備查。同時，個人所得稅法第九條規定，扣繳義務人每月所扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送納稅申報表。
國稅函〔2009〕285號檔案第一條規定，股權交易各方在簽訂股權轉讓協議並完成股權轉讓交易以後至企業變更股權登記之前，負有納稅義務或代扣代繳義務的轉讓方或受讓方，應到主管稅務機關辦理納稅（扣繳）申報，並持稅務機關開具的股權轉讓所得繳納個人所得稅完稅憑證或免稅、不徵稅證明，到工商行政管理部門辦理股權變更登記手續。第二條規定，股權交易各方已簽訂股權轉讓協議，但未完成股權轉讓交易的，企業在向工商行政管理部門申請股權變更登記時，應填寫《個人股東變動情況報告表》並向主管稅務機關申報。
（6）主管稅務機關。國稅函〔2009〕285號檔案第三條規定，個人股東股權轉讓所得個人所得稅以發生股權變更企業所在地地稅機關為主管稅務機關。
（7）平價、低價轉讓的稅收政策。國稅函〔2009〕285號檔案第四條第二款規定，對申報的計稅依據明顯偏低（如平價和低價轉讓等）且無正當理由的，主管稅務機關可參照每股淨資產或個人股東享有的股權比例所對應的淨資產份額核定。
對於計稅依據明顯偏低且無正當理由如何判定、何為正當理由、對申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由如何核定，國家稅務總局公告2010年第27號分別在第二條、第三條、第四條予以明確。
第二條第一項規定，符合下列情形之一且無正當理由的，可視為計稅依據明顯偏低：
1、申報的股權轉讓價格低於初始投資成本或低於取得該股權所支付的價款及相關稅費的；
2、申報的股權轉讓價格低於對應的淨資產份額的；
3、申報的股權轉讓價格低於相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓價格的；
4、申報的股權轉讓價格低於相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓價格的；5.經主管稅務機關認定的其他情形。
第二條第二項規定正當理由是指以下情形：
1、所投資企業連續三年以上（含三年）虧損；
2、因國家政策調整的原因而低價轉讓股權；
3、將股權轉讓給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
4、經主管稅務機關認定的其他合理情形。
第三條規定，對申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由的，可採取以下核定方法：
（一）參照每股淨資產或納稅人享有的股權比例所對應的淨資產份額核定股權轉讓收入。對智慧財產權、土地使用權、房屋、探礦權、採礦權、股權等合計佔資產總額比例達50%以上的企業，淨資產額須經中介機構評估核實。
（二）參照相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓價格核定股權轉讓收入。
（三）參照相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓價格核定股權轉讓收入。
（四）納稅人對主管稅務機關採取的上述核定方法有異議的，應當提供相關證據，主管稅務機關認定屬實後，可採取其他合理的核定方法。
（8）納稅舉例。接上例，設該公司股權變更前的2011年4月淨資產總額為270萬元，A、B兩人分別C均不存在國家規定的親屬關係及贍養、扶養關係，則該次平價轉讓行為就屬於計稅依據明顯偏低且無正當理由，稅務機關可以採取按A、B在該公司享有的淨資產份額核定股權轉讓收入為270×100÷（100+150）＝108萬元、270×150÷（100+150）＝112萬元。股權計稅成本分別為100萬元、150萬元，可以扣除的稅費分別為250元、750元，A、B分別應納個人所得稅（1080000-1000000-250）×20%＝15950元、（1120000-1000000-750）×20%＝23850元。若A、B按超過270萬元淨資產的價格轉讓給C,則股權轉讓價按實際成交價計算。
3、企業所得稅。
企業股東轉讓股權，會涉及企業所得稅。
（1）收入。《中華人民共和國企業所得稅法》（以下簡稱企業所得稅法）第六條第三項規定，轉讓財產收入列入企業收入總額範圍。《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第十六條規定，企業轉讓股權取得的收入屬於轉讓財產收入。
（2）扣除。根據企業所得稅法第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。就股權轉讓來說，股權計稅成本及與股權轉讓相關的印花稅等稅費可以扣除。
（3）應納稅所得額。等於股權轉讓收入減去股權計稅成本後的餘額。
（4）稅率：《企業所得稅法》第四條規定，企業所得稅的稅率為25%。企業所得稅法第四章第二十八條規定，符合條件的小型微利企業，減按20%的稅率徵收企業所得稅。國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15％的稅率徵收企業所得稅。
股權轉讓都是需要交納一定的稅率的，對我們來說可能這些稅率的計算會比較麻煩，所以一般股權轉讓數額大的話都會選擇找一些專業人士進行操作，父子股權轉讓稅收雖說是無償轉讓，但也涉及到收稅的問題，我們可以選擇到相關部門進行詢問。
