按照我國《民事訴訟法》及最高院司法解釋的規定，合同糾紛，由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。如果合同沒有實際履行，當事人雙方住所地又都不在合同約定的履行地的，應由被告住所地人民法院管轄。同時，法律賦予當事人協議約定管轄法院的權利，即合同的雙方當事人可以在書面合同中協議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地人民法院管轄，但不得違反民訴法對級別管轄和專屬管轄的規定。在股權轉讓協議糾紛中，如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的，應適用其約定；沒有約定或約定不明，應適用法律規定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。對於被告所在地，人們一般不會有歧義。而對於股權轉讓的合同履行地，應為股權轉讓的目標公司的公司註冊地。因為，公司股權轉讓糾紛的特殊性在於轉讓行為需要向公司註冊地的登記機關履行相應手續方可完成（如果是外資企業，在工商變更之前還需要商務主管部門的批覆，否則股權轉讓合同不生效）。
《中華人民共和國民事訴訟法》第二十三條 因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。
