公司轉讓股權過程中，被投資企業、扣繳義務人和納稅人應按照規定期限向主管稅務機關報送相關資料和辦理扣繳(納稅)申報。
根據《國家稅務總局關於加強股權轉讓所得徵收個人所得稅管理的通知》第四條規定:稅務機關應加強對股權轉讓所得計稅依據的評估和稽核。
對扣繳義務人或納稅人申報的股權轉讓所得相關資料應認真稽核，判斷股權轉讓行為是否符合獨立交易原則，是否符合合理性經濟行為及實際情況。
對申報的計稅依據明顯偏低(如平價和低價轉讓等)且無正當理由的，主管稅務機關可參照每股淨資產或個人股東享有的股權比例所對應的淨資產份額核定。
