1、印花稅
股權轉讓行為發生頻率不高，不少納稅人尚不知道股權轉讓書據需要貼花。而實際上，印花稅作為一種行為稅，只要納稅人書立、領受《中華人民共和國印花稅暫行條例》列舉的應稅憑證，就必須貼花。股權轉讓所立的書據便屬於印花稅徵稅稅目。根據《中華人民共和國印花稅暫行條例》附件規定，產權轉移書據的稅率為：按所載金額萬分之五貼花。
2、個人所得稅
不少納稅人、扣繳義務人對於股權轉讓環節可能涉及個人所得稅納稅義務認識較為片面，以為只要自然人股東採取平價或低價形式轉讓股權，便沒有所得，無須申報繳納或扣繳個人所得稅;甚至有的受讓人不知道在向轉讓人(原自然人股東)支付股權轉讓款項時有扣繳其個人所得稅的義務，從而給徵納雙方增加不必要的成本、損失。現就相關政策作一梳理。
《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第二十二條規定，財產轉讓所得按照一次轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的餘額，作為應納稅所得額。就股權轉讓所得而言，其應納稅所得額=股權轉讓價-股權計稅成本-與股權轉讓相關的印花稅等稅費。自然人股東股權轉讓價是自然人股東就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額，以其實際成交價為股權轉讓價。股權轉讓對價為實物的，應當按照取得憑證上所註明的價格計算,但憑證上所註明的價格明顯偏低或者無憑證的，由主管地方稅務機關參照當地的市場價格核定。個人所得稅法第五條第五項規定，財產轉讓所得適用百分之二十的比例稅率。
另一方面，應注意平價、低價轉讓的稅收政策。
國稅函〔2009〕285號檔案第四條第二款規定，對申報的計稅依據明顯偏低(如平價和低價轉讓等)且無正當理由的，主管稅務機關可參照每股淨資產或個人股東享有的股權比例所對應的淨資產份額核定。對申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由的，可採取以下核定方法：(一)參照每股淨資產或納稅人享有的股權比例所對應的淨資產份額核定股權轉讓收入。對智慧財產權、土地使用權、房屋、探礦權、採礦權、股權等合計佔資產總額比例達50%以上的企業，淨資產額須經中介機構評估核實。(二)參照相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓價格核定股權轉讓收入。(三)參照相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓價格核定股權轉讓收入。
3、企業所得稅。
(1)收入。《中華人民共和國企業所得稅法》(以下簡稱企業所得稅法)第六條第三項規定，轉讓財產收入列入企業收入總額範圍。《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第十六條規定，企業轉讓股權取得的收入屬於轉讓財產收入。
(2)扣除。根據企業所得稅法第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。就股權轉讓來說，股權計稅成本及與股權轉讓相關的印花稅等稅費可以扣除。
(3)應納稅所得額。等於股權轉讓收入減去股權計稅成本後的餘額。
(4)稅率：企業所得稅法第四條規定，企業所得稅的稅率為25%。企業所得稅法第四章第二十八條規定，符合條件的小型微利企業，減按20%的稅率徵收企業所得稅。國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%的稅率徵收企業所得稅
