建築工程糾紛雙方約定管轄法院會有效嗎

有效。
建設工程合同糾紛一般由合同約定的履行法院管轄，但合同沒有約定時，由發包人接受圖紙所在地人民法院管轄。
如果沒有約定的就要按照法律的規定法院管轄進行訴訟。
【法律依據】
根據《民事訴訟法》第23條規定：因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。