一、本罪與過失銷售劣藥的界限
由於劣藥在市場中大量存在，以及銷售主體的多元化，所以因為缺乏藥品專業知識和疏忽大意而造成的過失銷售劣藥的情況也相當普遍，但銷售劣藥罪只能由故意構成，所以，過失銷售劣藥即使造成了危害結果，也不構成犯罪。
二、本罪與生產、銷售偽劣產品罪的界限
本罪的犯罪物件與生產、銷售偽劣產品罪的犯罪物件存在從屬關係，因而易於混淆。但兩罪在犯罪客體、犯罪物件以及認定標準上存在著明顯的差別。生產、銷售劣藥，如果對人體健康未造成嚴重危害的，不構成生產、銷售劣藥罪，但如其銷售金額在5萬元以上，根據刑法第149的規定，應構成生產、銷售偽劣產品罪。如果生產、銷售劣藥，既對人體健康造成嚴重危害，其銷售金額又在5萬元以上，對此情況，應按照刑法第149條第2款的原則處理，即依照處刑較重的規定定罪處罰。
三、本罪與詐騙罪的界限
二者除犯罪主體不同外，在客觀方面也有所不同。生產、銷售劣藥罪在客觀上有生產、銷售行為;而詐騙罪的行為人利用欺騙的手段，把根本不具有藥品效能的物品當作藥品詐騙錢財，甚至不考慮其外觀和包裝。
四、本罪與生產、銷售、提供假藥罪的界限
兩罪的區別在於：
第一，犯罪物件不同。前者犯罪物件是劣藥;後者犯罪物件是假藥。
第二，犯罪的客觀方面的認定標準不同。生產、銷售、提供假藥罪只要有“足以危害人體健康”的危險狀態就能成立;生產、銷售、提供劣藥罪則須對人體健康造成嚴重危害才能成立。
