一、工商部門能認定商標侵權嗎?
工商部門可以認定商標侵權，商標侵權的認定部門是工商行政管理部門或人民法院。工商行政管理部門對商標侵權行為的查處主要有兩種形式： 一是依職權主動查處; 二是依投訴(舉報)查處。商標侵權的認定標準是：
(一)未經商標註冊人的許可，在同一種商品上使用與其註冊商標相同的商標的;
(二)未經商標註冊人的許可，在同一種商品上使用與其註冊商標近似的商標，或者在類似商品上使用與其註冊商標相同或者近似的商標，容易導致混淆的;
(三)銷售侵犯註冊商標專用權的商品的;
(四)偽造、擅自制造他人註冊商標標識或者銷售偽造、擅自制造的註冊商標標識的;
(五)未經商標註冊人同意，更換其註冊商標並將該更換商標的商品又投入市場的;
(六)故意為侵犯他人商標專用權行為提供便利條件，幫助他人實施侵犯商標專用權行為的;
(七)給他人的註冊商標專用權造成其他損害的。
工商行政管理部門處理時，認定侵權行為成立的，責令立即停止侵權行為，沒收、銷燬侵權商品和主要用於製造侵權商品、偽造註冊商標標識的工具，違法經營額五萬元以上的，可以處違法經營額五倍以下的罰款，沒有違法經營額或者違法經營額不足五萬元的，可以處二十五萬元以下的罰款。對五年內實施兩次以上商標侵權行為或者有其他嚴重情節的，應當從重處罰。銷售不知道是侵犯註冊商標專用權的商品，能證明該商品是自己合法取得並說明提供者的，由工商行政管理部門責令停止銷售。
對侵犯商標專用權的賠償數額的爭議，當事人可以請求進行處理的工商行政管理部門調解，也可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。經工商行政管理部門調解，當事人未達成協議或者調解書生效後不履行的，當事人可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。
二、工商行政管理部門在調查商標侵權案件時有哪些權利?
《中華人民共和國商標法》
第六十二條 縣級以上工商行政管理部門根據已經取得的違法嫌疑證據或者舉報，對涉嫌侵犯他人註冊商標專用權的行為進行查處時，可以行使下列職權：
(一)詢問有關當事人，調查與侵犯他人註冊商標專用權有關的情況;
(二)查閱、複製當事人與侵權活動有關的合同、發票、賬簿以及其他有關資料;
(三)對當事人涉嫌從事侵犯他人註冊商標專用權活動的場所實施現場檢查;
(四)檢查與侵權活動有關的物品;對有證據證明是侵犯他人註冊商標專用權的物品，可以查封或者扣押。
工商行政管理部門依法行使前款規定的職權時，當事人應當予以協助、配合，不得拒絕、阻撓。
在查處商標侵權案件過程中，對商標權屬存在爭議或者權利人同時向人民法院提起商標侵權訴訟的，工商行政管理部門可以中止案件的查處。中止原因消除後，應當恢復或者終結案件查處程式。
並不是所有的商標侵權行為都構成犯罪，在不構成犯罪的情況下，主要就是由工商行政主管部門負責處理的，所以，對商標侵權行為交由工商部門處理的做法完全是合理的，工商行政主管部門發現構成刑事犯罪的，會移交到公安機關。
