商標行政訴訟與因商標侵權糾紛引起的民事訴訟不同，不可將二者混為一談。
1、處理物件不同。
商標行政訴訟是因商標行政爭議，即在商標管理過程中被處罰人對工商行政管理機關作出的處罰是否合法和適當而引起的爭議;而商標侵權訴訟則是侵權人和被侵權人之間因商標侵權行為引起的民事賠償爭議為物件的。
2、當事人在訴訟中地位不同。
商標行政訴訟發生在行政主體和行政相對人，即工商行政管理機關和被行政處罰人之間;前者只能是被告，且沒有反訴權，後者永遠是原告;商標侵權訴訟雙方是平等民事主體，在訴訟中地位平等，享有對等的訴訟權利。
3、兩種訴訟的法律原則和適用程式不同。
商標行政訴必須根據《行政訴訟法》，適用的是行政訴訟程式，而商標侵權訴訟則依據《民事訴訟法》，適用的是民事訴訟程式。行政訴訟中的複議選擇原則、訴訟不中止執行原則、有限變更原則等不適用於民事訴訟，民事訴訟中的處分原則、調解原則也不全適用於行政訴訟。
二、商標行政訴訟中的被告應具備哪些要件？
商標行政訴訟中的被告應具備三個要件：
必須實施了原告認為侵犯其合法權益的具體行政行為; 實施的具體行政行為與原告認為被侵犯的合法權益之間必須有因果關係; 必須是由人民法院通知應訴。 當事人直接向人民法院提起訴訟的，作出具體行政行為的工商行政管理機關是被告;經複議的案件，複議機關決定維持原具體行政行為的，作出原具體行政行為的工商行政管理機關是被告;複議機關改變原具體行政行為的，複議機關是被告;由法律、法規授權的組織實施具體行政行為的，該組織是被告。例如，根據《商標法》的規定，商標局主管全國商標註冊和管理工作，可以以自己的名義作出具體行政行為，當事人對商標局作出的可以提起行政訴訟的具體行政行為不服的，商標局為被告。
綜合上面所說的，商標行政訴訟與民事訴訟是不一樣的起訴情形，兩者在適用的法律條款上是完全不一樣的，一般行政訴訟是針對於行政方面的爭議，而對於民事訴訟是針對於公民與公民之間產生的民事糾紛，這都是有很大的區別。
