軟體著作權受理後退回，顯然是合法的行為，如果軟體著作權申請時，提交的相關證明不清楚或者軟體著作權涉及到侵權行為，審查機關應當退回。軟體作品完成後，不論是否進行計算機軟體著作權登記，著作權就依法產生了。為了取得明確的證據，防止日後的糾紛，可以申請軟體著作權登記。專利權需要申請才能授予。
二、軟體著作權登記流程
1)填寫軟體基本資訊採集表;
2)提供部分源程式(電子版)：您提供該軟體的WORD電子版部分源程式(前2000行 和 後2000行，共計4000行，最後一頁為軟體退出部分程式碼);
3)提供手冊(電子版)：根據軟體的不同型別，需要您提供WORD版軟體使用操作手冊 或者 軟體設計說明書 ;
4)報送審查;
5)版權中心複審：初審通過受理後審查31-35個工作日，約45-50天左右出審查結果並公告;
6)公告發證。
三、法律依據
關於專利審查的規定《審查指南》中第九章“關於涉及計算機程式的發明專利申請審查的若干規定”中有這麼一段話：涉及計算機程式的發明是指為解決發明提出的問題，全部或部分以計算機程式處理流程為基礎，通過計算機執行按上述流程編制的計算機程式，對計算機外部物件或者內部物件進行控制或處理的解決方案。所說的對外部物件的控制或處理包括對某種外部執行過程或外部執行裝置進行控制，對外部資料進行處理或者交換等;所說的對內部物件的控制或處理包括對計算機系統內部效能的改進，對計算機系統內部資源的管理，對資料傳輸的改進等。涉及計算機程式的解決方案並不必須包含對計算機硬體的改變。根據專利法第二十五條第一款第(二)項的規定，對智力活動的規則和方法不授予專利權。
需要注意的是，軟體著作權是需要當事人軟體著作權管理機構申請的，在獲得批准後才擁有軟體著作權。有關軟體著作權的獲取情況應當根據軟體的開發使用情況來進行認定，在取得軟體著作權後，在法律上就會該著作權進行保護，第三方機構使用該軟體後就需要獲取授權。
