1、目的的不同
計算機軟體著作權登記---屬於權利上的登記，目的在於確權，為今後追究第三方侵權留下足夠的證據;
軟體產品登記---目的在於投放市場，確保擁有一個合法的身份。
2、負責管理和登記的部門的不同
計算機軟體著作權登記部門為中國版權保護中心;
軟體產品登記：國內軟體產品登記由各省市軟體行業協會予以受理和認定。
進口軟體產品(含進口軟體本地化產品)的登記申請，統一由中國軟體行業協會受理，最終經資訊產業部審查批准後，核發軟體產品登記號和軟體產品登記證書。並由資訊產業部稽核備案。
3、保護期限的不同
軟體著作權自軟體開發完成之日起產生。自然人的軟體著作權，保護期為自然人終生及其死亡後50年，截止於自然人死亡後50年;軟體是合作開發的，截止於最後死亡的自然人死亡後50年。法人或者其他組織的軟體著作權，保護期為50年，截止於軟體首次發表後50年，但軟體自開發完成之日起50年內未發表的，本條例不再保護。
軟體產品登記保護期限為5年 。
軟體產品登記的程式是先有著作權證 和 相關營業執照 外加測試合格證書才能進行產品登記。
著作權是當事人的權屬所在，是軟體開發完後可以自動或法律上登記程式而得到。
軟體產品登記是當事人具有了三證後，具有了軟體產品進入市場銷售的法律憑證。 (簡單點就是銷售許可證)
4、計算機軟體著作權保護的物件是計算機軟體，不延及開發軟體所用的思想、處理過程、操作方法或者數學概念等。計算機軟體，指計算機程式及其有關文件。
軟體著作權登記工作是為貫徹著作權法的實施，適應著作權人和有關權利人的實際需要而設立的，這些工作在明確著作權人的合法權利等方面發揮著積極的作用。軟體著作權登記是辦理軟體產品登記的前提。
5、軟體產品實行登記和備案制度。未經軟體產品登記和備案或被撤消的軟體產品，不得在我國境內經營或者銷售。
軟體產品經登記生效後，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發生產的軟體產品，按17%的法定稅率徵收增值稅後，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即徵即退政策。所退稅款由企業用於研究開發軟體產品和擴大再生產，不作為企業所得稅應稅收入，不予徵收企業所得稅。軟體產品登記的有效期為五年，有效期滿後可申請續延。
綜上所述，軟體產品登記是為了讓軟體能夠作為一種商品進入市場並且可以得到有關部門的規範，而軟體著作權的確定是一種對軟體所有者的權利保護而得到了重視，兩者在確權的目的、登記部門、保護期限等方面存在明顯的區別。
