一、農村集體土地流轉糾紛是否可以向法院起訴?
農村集體土地流轉糾紛可以向法院起訴。
《中華人民共和國民事訴訟法》
第一百一十九條 起訴條件
起訴必須符合下列條件：
(一)原告是與本案有直接利害關係的公民、法人和其他組織;
(二)有明確的被告;
(三)有具體的訴訟請求和事實、理由;
(四)屬於人民法院受理民事訴訟的範圍和受訴人民法院管轄。
二、集體土地流轉方式有哪些規定?
《農村土地承包經營權流轉管理辦法》
第十五條 承包方依法取得的農村土地承包經營權可以採取轉包、出租、互換、轉讓或者其他符合有關法律和國家政策規定的方式流轉。
第十六條 承包方依法採取轉包、出租、入股方式將農村土地承包經營權部分或者全部流轉的，承包方與發包方的承包關係不變，雙方享有的權利和承擔的義務不變。
第十七條同一集體經濟組織的承包方之間自願將土地承包經營權進行互換，雙方對互換土地原享有的承包權利和承擔的義務也相應互換，當事人可以要求辦理農村土地承包經營權證變更登記手續。
第十八條 承包方採取轉讓方式流轉農村土地承包經營權的，經發包方同意後，當事人可以要求及時辦理農村土地承包經營權證變更、登出或重發手續。
第十九條 承包方之間可以自願將承包土地入股發展農業合作生產，但股份合作解散時入股土地應當退回原承包農戶。
第二十條通過轉讓、互換方式取得的土地承包經營權經依法登記獲得土地承包經營權證後，可以依法採取轉包、出租、互換、轉讓或者其他符合法律和國家政策規定的方式流轉。
綜上所述，在拆遷廠房的時候，只要集體土地使用權流轉的手續是合法的，肯定會保障當事人的合法權益。不過，如果確認廠房屬於違章建築，在拆遷的時候一般是沒有補償款的。
雖然國家政策支援集體土地使用權流轉，但大部分農村村民的法律意識比較薄弱，所以在集體土地使用權流轉過程中，雙方可能都沒有簽訂書面的合同，這樣的流轉方式本身就存在很大法律風險。
