農村集體土地上房屋徵收有兩種情形：
對於城中村。即都市計畫區範圍內集體土地上房屋徵收的情形,由於房屋所在地已納入都市計畫區範圍,周邊房價已商品化,如果仍按原來的農村集體土地上附著物的標準給予補償,難以解決農民的居住問題。所以很多城市專門出臺了都市計畫區範圍內集體土地上房屋徵收補償辦法。《關於農村集體土地徵用後地上房屋拆遷補償有關問題的答覆》時明確：行政機關征用農村集體土地之後,被徵用土地上的原農村居民對房屋仍享有所有權,房屋所在地已被納入都市計畫區的,應當參照《國有土地上房屋徵收與補償安置條例》對房屋所有權人予以補償安置。
對於集體土地被徵收時房屋作為土地附著物被徵收。農村土地及房屋徵收補償的現行法律依據為《土地管理法》。但我國《土地管理法》規定的主要是對土地補償,並未規定房屋的補償。集體土地上房屋在法條的表述上為"附著物"。《土地管理法》第48條第4款規定:徵收農用地以外的其他土地、地上附著物和青苗等的補償標準，由省、自治區、直轄市制定。對其中的農村村民住宅，應當按照先補償後搬遷、居住條件有改善的原則，尊重農村村民意願，採取重新安排宅基地建房、提供安置房或者貨幣補償等方式給予公平、合理的補償，並對因徵收造成的搬遷、臨時安置等費用予以補償，保障農村村民居住的權利和合法的住房財產權益。但實踐中，許多地方的省級政府將此項權利進一步下放至市、縣一級的政府部門來制定相應的規範,行使此項權力。以至於各地在制定這些標準時隨意性較大，安置方式也不盡相同，各地都處於摸索過程中。此外，雖然《土地管理法》第2條規定了國家為了公共利益的需要,可以依法對土地實行徵收或者徵用並給予補償。但各地實施的集體土地上房屋拆遷辦法中,絕大多數未規定公共利益作為徵收農村集體土地的前置條件。
《土地管理法(修正案)》(下稱《修正案》)修訂涉及現行土地管理法的41個條文，主要包括四大主要內容：
1、刪除了農村集體建設用地進入市場的法律障礙。
魏莉華指出，這是此次修改最大的亮點。現行土地管理法除允許鄉鎮企業因為破產兼併導致土地使用權進入市場之外，禁止農村集體建設用地直接進入市場流轉。但隨著工業化、城鎮化快速推進，這樣的規定使農村集體經營性建設用地不能同國有建設用地同等入市，同權同價。修訂草案刪除了現行土地管理法第43條和63條的規定，增加規定國家建立城鄉統一的建設用地市場，符合土地利用總體規劃的集體經營性建設用地，集體土地所有權人可以採取出讓、租賃、作價出資或者入股的方式由用地單位和個人使用，取得的這些經營性土地使用權還可以轉讓、出租和抵押。
2、對農村土地徵收制度進行多方面完善。
取消了年產值倍數法與區片綜合地價作為計算土地補償費和安置補助費的依據;在徵地補償的費用中增加了對被徵地農民的住房補償和社會保障的費用;完善了徵地程式，把原來的批後公報改為批前公報。
3、完善農村宅基地制度，保障和落實農民宅基地用益物權。
在都市計畫區人均土地少無法實現“一戶一宅”的地區，縣級人民政府要採取措施，保障農村居民實現戶有所居的權利。同時改革宅基地審批制度，下放宅基地審批許可權，並對宅基地自願有償退出作了原則性規定。
4、將多年來土地管理改革的成熟做法吸收至法律草案中。
比如，將國家土地督查制度上升為法律規定，同時與不動產統一登記制度相銜接，明確國家對土地、房屋、陵墓等實行不動產統一登記。
針對集體土地徵收問題，制定了國有土地徵收房屋補償條例作為法律依據，隨後的土地管理法也增加了對集體土地的管理規定。所以在集體土地徵收方面，要按照相關程式進行。
