1、發生醫療糾紛時，常用的調解方式有如下3種。
第一，由醫患雙方自行調解。
第二，由有關行政部門主持調解。在醫患雙方自行調解的情況下，需要醫患雙方對醫療事故的責任以及賠償問題達成一致。雙方可就達成的協議，簽訂書面的調解書。而調解書應當載明當事人的基本情況，糾紛事實，醫療事故等情況，雙方應確定醫療責任，以及賠償金額等內容，由雙方簽字確認後，各自儲存。
第三種情況就是由有關行政衛生部門主持雙方進行調解，行政部門作為第三方，雙方當事人作為爭議雙方。在醫患雙方不能達成協議的情況下，雙方當事人可以請求衛生行政部門出面，就醫療賠償的問題進行居中調解。調解應當遵循自願、合法的原則，即不得違背公序良俗，也不得破壞社會秩序。計算賠償金時，可以依據有關法律以及雙方協商來確定金額。經過調解，若雙方達成一致意見，則可簽訂調解協議書。雙方均有按照調解協議書履行義務的責任。若調解失敗或簽訂責任書後，有一方後悔，拒不履行調解協議書，衛生部門不再參與調解，即衛生部門參與的醫療糾紛調解僅限一次。
2、在醫療單位發生醫療事故糾紛的情況下，該單位應當立即組織相關人員進行調查處理，並向當地衛生行政部門報告醫療糾紛情況，這是醫療單位需要履行的法定義務。同時，當發生醫療事故糾紛時，病人及其近親屬可以直接向醫療單位提出調查請求，病人可以使用法律武器保護其法定權利。在調查過程中，若醫院消極處理或者選擇隱瞞、篡改真實資料，病人及其家屬發現相關情況時，可以向當地衛生行政部門舉報。
3、發生醫療事故糾紛後，事故單位必須立即採取相關行動，封存有關病例、醫療報告以及封存其他原始材料。嚴禁有關單位私自塗改，偽造，隱匿，銷燬相關證據。另外，在醫療事故中，若發生死亡情況，對其死因具有爭議的，可以進行屍體解剖。在雙方協商賠償金時應當遵循一個原則，即因為醫療事故所增加的醫療開支，應當由造成醫療事故的責任方支付。但倘若是由於病人自身拒絕出院，或病人家屬拒絕辦理病人出院的情況，額外增加的醫療費用應由病人方承擔。
