醫療損害鑑定機構並不是政府的機構。醫療損害鑑定有兩種方式，第一種是醫患雙方協商共同向當地市級醫學會發起申請。第二種是被害人向法院起訴後，由法院委託相應機構進行醫療損害鑑定。這時候負責醫療損害鑑定的機構是隨機抽取的，可以是醫學會，也可以是具備相應的醫療損害鑑定資質的社會辦司法鑑定機構。無論是醫學會還是司法鑑定機構，都不屬於政府管理的，屬於社會性質的機構。
【法律依據】
《醫療事故處理條例》規定：衛生行政部門接到醫療機構關於重大醫療過失行為的報告或者醫療事故爭議當事人要求處理醫療事故爭議的申請後，對需要進行醫療事故技術鑑定的，應當交由負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定；醫患雙方協商解決醫療事故爭議，需要進行醫療事故技術鑑定的，由雙方當事人共同委託負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定。設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣（市）地方醫學會負責組織首次醫療事故技術鑑定工作。省、自治區、直轄市地方醫學會負責組織再次鑑定工作。中華醫學會可以組織疑難、複雜並在全國有重大影響的醫療事故爭議的技術鑑定工作。當事人對首次醫療事故技術鑑定結論不服的，可以自收到首次鑑定結論之日起15日內向醫療機構所在地衛生行政部門提出再次鑑定的申請。
