發生醫療糾紛的處理包括協商、衛生行政部門處理和法院訴訟三種方法。
發生醫療糾紛的，雙方可以自行協商解決;
協商不成的，到衛生行政部門的處理，對符合醫療事故處理條例規定條件的，衛生行政部門應及時受理;對需要進行醫療事故技術鑑定的應當交由負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定;
最後，以上方法都沒有解決的，可以通過訴訟進行解決。
法律依據：醫療事故技術鑑定暫行辦法全文 第十一條
協商解決醫療事故爭議涉及多個醫療機構的，應當由涉及的所有醫療機構與患者共同委託其中任何一所醫療機構所在地負責組織首次醫療事故技術鑑定工作的醫學會進行醫療事故技術鑑定。醫療事故爭議涉及多個醫療機構，當事人申請衛生行政部門處理的，只可以向其中一所醫療機構所在地衛生行政部門提出處理申請。
