醫療事故的處理方式可以分為三種。
第一種是醫患雙方自行協商解決。
第二種衛生行政部門介入處理，在醫療事故發生後，當事人可申請衛生行政部門處理，對符合《醫療事故處理條例》規定條件的，衛生行政部門應當及時受理。
第三種，直接向人民法院提起民事訴訟。
《醫療事故處理條例》
第四十六條
發生醫療事故的賠償等民事責任爭議，醫患雙方可以協商解決；不願意協商或者協商不成的，當事人可以向衛生行政部門提出調解申請，也可以直接向人民法院提起民事訴訟。
第四十七條
雙方當事人協商解決醫療事故的賠償等民事責任爭議的，應當製作協議書。協議書應當載明雙方當事人的基本情況和醫療事故的原因、雙方當事人共同認定的醫療事故等級以及協商確定的賠償數額等，並由雙方當事人在協議書上簽名。
第四十八條
已確定為醫療事故的，衛生行政部門應醫療事故爭議雙方當事人請求，可以進行醫療事故賠償調解。調解時，應當遵循當事人雙方自願原則，並應當依據本條例的規定計算賠償數額。經調解，雙方當事人就賠償數額達成協議的，製作調解書，雙方當事人應當履行；調解不成或者經調解達成協議後一方反悔的，衛生行政部門不再調解。
第四十九條
醫療事故賠償，應當考慮下列因素，確定具體賠償數額：（一）醫療事故等級；（二）醫療過失行為在醫療事故損害後果中的責任程度；（三）醫療事故損害後果與患者原有疾病狀況之間的關係。不屬於醫療事故的，醫療機構不承擔賠償責任。
