(一)醫患雙方自行協商解決。《醫療事故處理辦法》第11條規定：“病員及其家屬和醫療單位對醫療事故或事件的確認和處理有爭議時，可提請當地醫療事故技術鑑定委員會進行鑑定，由衛生行政部門處理。”所謂“確認和處理有爭議”，是指病員或其家屬和醫療單位對診療護理過程中發生的病員死亡、殘廢等不良後果，在認識上不一致，即在定性上有不同認識，以及雙方在認定性質上無分歧，即都認為屬於醫療事故，但在處理上卻各持不同意見。即使如此，當醫療事故或事件發生後，也首先要通過醫療單位和病員或其家屬自行協商的方式予以確認和解決，而不應跨越這一步驟直接提請當地醫療事故技術鑑定委員會進行鑑定，由衛生行政部門進行處理。
(二)衛生行政部門的處理。醫療事故糾紛，經醫療單位和病員及其家屬通過自行協商，對醫療事故的確認(即定性)和處理不能達成協議時，應由當地醫療事故技術鑑定委員會進行鑑定之後，由衛生行政部門進行處理。
(三)訴訟解決。所謂訴訟解決，是指通過人民法院的審理來解決醫療事故糾紛。訴訟解決可分為民事訴訟解決、刑事訴訟解決和行政訴訟解決三種途徑。
1、民事訴訟解決。《醫療事故處理辦法》第11條規定“對醫療事故技術鑑定委員會所作的結論或者對衛生行政部門所作的處理不服的，病員及其家屬和醫療單位均可在接到結論或者處理通知書之日起15日內，向上一級醫療事故技術鑑定委員會申請重新鑑定或者向上一級衛生行政部門申請複議;也可以直接向當地人民法院起訴。”法律賦予每個公民向人民法院起訴，通過訴訟程式解決醫療事故糾紛的權利。
2、刑事訴訟解決。《刑法》，增設了第335條醫療事故罪，即“醫務人員由於嚴重不負責任，造成就診人員死亡或者嚴重損害就診人員身體健康的，處3年以下有期徒刑或者拘役”。這時，就應適用刑事訴訟程式。
3、行政訴訟解決。如果對上一級醫療事故技術鑑定和衛生行政部門的複議決定不服的，仍可對作出複議決定的衛生行政機關向人民法院提起行政訴訟。因此，行政訴訟的被告必須是行政機關，而不是公民、企業、事業單位或者社會團體，否則就不稱其為行政訴訟。
發生醫療事故處理方式有兩種：醫患協商解決和行政部門處理、訴訟解決。
綜合上面所說的，醫療事故發生了之後就需要及時的解決，一般可以先由雙方協商處理，這樣可以更快的保障自己的權益，如果協商處理不好的話，那麼就可以直接利用法律的程式來進行，需要的時間可能會長一些，但給出的結果也是最公平的。
