國務院《醫療事故處理條例》(以下簡稱《條例》)和最高院的《最高人民法院關於參照<醫療事故處理條例>審理醫療糾紛民事案件的通知》(以下簡稱《通知》)相繼出臺後，醫務界、法學理論界以及審判實務界對醫療損害賠償糾紛案件的適用法律問題一直爭議不休。同一醫療事故中，由於法律的原則適用問題，在選擇適用哪部法律上存在爭議。
對醫療損害賠償糾紛究竟應該適用《中華人民共和國民法典》(以下簡稱《民法典》)還是《條例》，有觀點認為，按照特別法優於普通法這一基本的司法的原則，應優先適用《條例》，因為《民法典》屬於普通法，《條例》屬於特別法，特別法應該優於普通法而優先適用;另有觀點認為，按照法律的高階位優先適用的原則，《民法典》屬於上位法，《條例》屬於下位法，當上位法和下位法的法律規定不一致的時候，應優先適用上位法即《民法典》及《解釋》;還有觀點認為，按照《條例》第四十九條二款“不屬於醫療事故的，醫療機構不承擔賠償責任”的規定，當然不能再適用《民法典》和《最高人民法院關於審理人身損害賠償案件適用法律若干問題的解釋》(以下簡稱《解釋》)。又有觀點認為，《民法典》的法律效力高於《條例》，且《民法典》與《條例》也不是基本法與特別法的關係，從有利於實現當事人的合法權益最大化出發，應按《民法典》和《解釋》的規定進行處理，這也是以人為本司法理念的體現和對人的健康、生命的尊重。而在處理醫療事故引起的醫療賠償糾紛案件時必須嚴格按照《條例》的規定適用法律，而不能適用《民法典》和《解釋》，只有不構成醫療事故的其他醫療糾紛的人身損害賠償案件，才能適用《民法典》和《解釋》的規定處理。
因此，審理醫療事故損害賠償案件應適用《醫療事故處理條例》，而不能適用《民法典》及司法解釋的相關規定;對共同侵權人，在無法區分責任大小的情況下，應由侵權人共同承擔賠償責任。
在醫療機構提出不構成相關醫療糾紛的宣告和抗辯時，並且有足夠的證據證明相關事件是醫療事故導致的，應優先適用《條例》的規定。而且《條例》的相關規定顯示了分散醫療機構承擔醫療事故風險的趨勢，不僅保護了患者當事人民事權利，又緩衝了醫療機構的賠償負擔。
