一、農村合作醫療報銷流程為：
1、如果是在市內定點醫療機構就診，可以直接在視窗刷卡報銷。
2、在市外2級及以上的公立醫院就診，需要在出院的3個月後攜帶就醫資料以及身份證、戶口簿前往區服務中心報銷。
3、稽核通過後，報銷的費用會打到指定的銀行賬戶中。
此外，也可以把相關材料交給村（社群）合作醫療聯絡員，讓醫療聯絡員幫忙報銷。
二、農村合作醫療報銷所需材料：
1、身份證或戶口簿原件及影印件；2、新農合醫保卡。
3、門診病歷、出院小結原件及影印件。
4、醫療費用原始收據。
5、費用明細清單。
6、若委託他人辦理報銷的，需提供受託人的身份證及影印件。
三、費用核算縣級定點醫療機構：由縣級定點醫療機構合作醫療視窗初稽核算人員受理醫療費用報銷申請，對申請人提交的材料進行審查，具體核算補償範圍內的醫藥費用和補償金額，並填寫《新型農村合作醫療住院補償表》，簽署核算意見。鄉鎮定點醫療機構：由鄉鎮衛生院合作醫療視窗初稽核算人員受理醫療費用報銷申請，對申請人提交的材料進行審查，具體核算補償範圍內的醫藥費用和補償金額，並填寫《新型農村合作醫療住院補償表》，簽署初稽核算意見後，由複核人員或者鄉鎮專職稽核員對初審專案和補償金額進行稽核，簽署稽核意見。
四、費用兌付：費用兌付由縣級以下定點醫療機構合作醫療視窗兌付人員根據稽核意見，向申請人支付應當報銷的醫藥費用，並由申請人或者其代理人在《新型農村合作醫療住院補償表》上簽字。
法律依據
《社會保險法》
第二條
國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。
