變造金融機構經營許可證罪的處罰標準是：變造商業銀行、證券交易所、期貨交易所、證券公司、期貨經紀公司、保險公司或者其他金融機構的經營許可證的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處二萬元以上二十萬元以下罰金；情節嚴重的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處五萬元以上五十萬元以下罰金。
【法律依據】
《刑法》第一百七十四條規定，未經國家有關主管部門批准，擅自設立商業銀行、證券交易所、期貨交易所、證券公司、期貨經紀公司、保險公司或者其他金融機構的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處二萬元以上二十萬元以下罰金；情節嚴重的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處五萬元以上五十萬元以下罰金。
偽造、變造、轉讓商業銀行、證券交易所、期貨交易所、證券公司、期貨經紀公司、保險公司或者其他金融機構的經營許可證或者批准檔案的，依照前款的規定處罰。
