對於套取國家資金的認定是要根據實際情況來決定，例如，符合詐騙罪構成要件的，應當對使用人以詐騙罪定罪處罰，如果符合受賄的就以受賄罪定罪等等。很多管理財務的人員，通過虛列支出、資金返還等方式套取資金將資金轉到本單位財務會計部門賬外，截留、轉移應當上繳財政的行政事業性收費。
《中華人民共和國刑法》第三百九十五條第一款規定：“國家工作人員的財產或支出明顯超過合法收入，差額巨大的，可以責令說明來源。本人不能說明來源是合法的，差額部分以非法所得論，處五年以下有期徒刑或者拘役，財產的差額部分予以追繳。”此即“鉅額財產來源不明罪”。
明確了對套取專項資金使用人罪名適用的三種情形：
一是套取國家專項資金的使用人不符合國家專項資金政策的基本條件，在申報過程中嚴重弄虛作假，虛構並不存在的企業或專案，偽造關鍵性申報材料，符合構成要件的，應當對使用人以詐騙罪定罪處罰。
二是套取國家專項資金使用人的申報專案符合國家專項資金政策的基本條件，但在申報過程中誇大實際情況，偽造或提供了個別非關鍵性虛假申報材料，套取的國家專項資金部分被用於企業彌補損失，或者用於轉產、更新裝置、生產經營的，對使用人一般不宜按詐騙罪定罪處罰。
三是套取國家專項資金的使用人在申報過程中向國家機關工作人員行賄、偽造國家機關公文證件印章，情節嚴重的，應當對使用人分別以、偽造國家機關公文證件印章罪定罪處罰。
明確了對套取專項資金案件中相關國家機關工作人員罪名適用情形分別為：在套取國家專項資金過程中，負有直接稽核職責的國家機關工作人員起主要作用，積極指使、參與、幫助資金使用人弄虛作假，並對套取的國家專項資金進行私分，非法佔為己有的，無論資金使用人是否構成犯罪，均以追究相關國家機關工作人員刑事責任;國家機關工作人員本人系資金直接使用人，符合貪汙罪構成要件的，按貪汙罪定罪處罰;套取國家專項資金的使用人涉嫌詐騙等犯罪，國家機關工作人員在稽核資金使用人提供的材料時，明知或應當明知條件虛構，仍予以縱容、幫助，或者不認真履行職責，嚴重不負責任，沒有審查出相關材料虛假而使國家專項資金被騙取的，應當分別以、追究相關國家機關工作人員刑事責任;實施上述行為，又收賄，構成的，數罪併罰。
單位和個人違反財務管理的規定，私存私放財政資金或者其他公款的，責令改正，調整有關會計賬目，追回私存私放的資金，沒收違法所得。對單位處3000元以上5萬元以下的罰款;對直接負責的主管人員和其他直接責任人員處2000元以上2萬元以下的罰款。屬於國家公務員的，還應當給予記大過處分;情節嚴重的，給予降級或者撤職處分。
凡違反國家財經法規及其他有關規定，侵佔、截留國家和單位收入，未列入本單位財務會計部門帳內或未納入預算管理，私存私放的各項資金，均屬小金庫。對清查出的“小金庫”資金，按照“自查從寬，被查從嚴”的原則進行處理。凡自清自查出的資金，要如數轉入單位財務帳內，按照稅法的有關規定單獨計算交納流轉稅、所得稅或全額上交財政。
