一、兩次退回公安機關補充偵查後檢察院是否還會起訴?
1、兩次退回公安機關補充偵查後檢察院可能還會起訴、也有可能不會。具體是否會起訴，與二次補充偵查後公安機關是否收集齊全證據有關。
根據《刑事訴訟法》第一百七十五條對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
2、人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認為可能存在以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
二、對於補充偵查的案件，一般需要怎麼處理?
1、對人民檢察院退回補充偵查的案件，根據不同情況，報縣級以上公安機關負責人批准，分別作如下處理：
(1)原認定犯罪事實清楚，證據不夠充分的，應當在補充證據後，製作補充偵查報告書，移送人民檢察院審查;對無法補充的證據，應當作出說明;
(2)在補充偵查過程中，發現新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事責任的，應當重新制作起訴意見書，移送人民檢察院審查;
(3)發現原認定的犯罪事實有重大變化，不應當追究刑事責任的，應當重新提出處理意見，並將處理結果通知退查的人民檢察院;
(4)原認定犯罪事實清楚，證據確實、充分，人民檢察院退回補充偵查不當的，應當說明理由，移送人民檢察院審查。
2、偵查終結，移送人民檢察院審查起訴的案件，人民檢察院退回公安機關補充偵查的，公安機關接到人民檢察院退回補充偵查的法律文書後，應當按照補充偵查提綱在一個月以內補充偵查完畢。
對刑事案件進行審查，是檢察院的工作。公安機關移交案件之後，檢察院需要在限定的期限範圍內結束審查，在審查後，若是發現案件的相關證據不足的，可以將案件退回給公安機關補充偵查，根據規定，補充偵查的次數最多是兩次。
