一、概念不同
1、增值稅發票：增值稅專用發票是由國家稅務總局監製設計印製的，只限於增值稅一般納稅人領購使用的。
2、普通機打發票：指在購銷商品、提供或接受服務以及從事其他經營活動中，所開具和收取的收付款憑證。
二、用處不同
1、增值稅發票：具有商事憑證的作用，由於實行憑發票註明稅款扣稅，購貨方要向銷貨方支付增值稅。它具有完稅憑證的作用。更重要的是，增值稅專用發票將一個產品的最初生產到最終的消費之間各環節聯絡起來，保持了稅賦的完整，體現了增值稅的作用。
2、普通機打發票：任何單位和個人在購銷商品、提供或接受服務以及從事其他經營活動中，除增值稅一般納稅人開具和收取的增值稅專用發票之外，所開具和收取的各種收付款憑證均為普通發票。
《中華人民共和國發票管理辦法》第二十五條
