有以下區別：
1、票面的區別，增值稅發票為可抵扣發票，有“增值稅專用”字樣，增值稅專用發票是三聯式的，普通發票則有“增值稅普通發票”字樣，普通發票兩聯。
2、發票使用的主體不同：增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批准後由當地的稅務機關代開；普通發票一般納稅人與小規模納稅人都可以使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。
3、發票的內容不同:增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
4、發票聯次不同:增值稅專用發票有四個聯次和七個聯次兩種，一聯為存根聯，二聯為發票聯，三聯為抵扣聯，第四聯為記賬聯，七聯次的其他三聯為備用聯，而普通發票則只有三聯，第一聯為存根聯，第二聯為發票聯，第三聯為記賬聯。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第三條 發票的基本聯次包括存根聯、發票聯、記賬聯。存根聯由收款方或開票方留存備查；發票聯由付款方或受票方作為付款原始憑證；記賬聯由收款方或開票方作為記賬原始憑證。
省以上稅務機關可根據發票管理情況以及納稅人經營業務需要，增減除發票聯以外的其他聯次，並確定其用途。
