海關行政訴訟的審理程式包括第一審程式、第二審程式和審判監督程式。當然這三者並非每一起行政訴訟案件都會出現，其中只有第一審程式是必經的，是全部審判程式的基礎。
簡單地說，第一審程式是人民法院受理海關行政訴訟案件後審理該案適用的程式，由於根據法律規定海關行政訴訟案件只能適用普通程式，也就是應當包括開庭前的準備、法庭調查、法庭辯論、合議庭評議、宣告判決等階段。
如果第一審中的當事人對第一審的裁判不服，依法提起上訴的，就使得案件進入第二審程式，也可稱為上訴審程式或者終審程式。在第二審中，其審理不一定必須開庭，對事實清楚的案件，可以實行書面審理，第二審法院作出的裁判，屬於終審裁決，不得再提起上訴。
行政訴訟審判監督程式，就是人民法院根據當事人的申請、檢察機關的抗訴或者人民法院自己發現已經發生法律效力的判決、裁定確有錯誤，依法對案件進行再審的程式。
