海關行政複議案件實行合議制審理。合議人員為不得少於3人的單數。合議人員由海關行政複議機構負責人指定的行政複議人員或者海關行政複議機構聘任或者特邀的其他具有專業知識的人員擔任。對於事實清楚、案情簡單、爭議不大的海關行政複議案件，也可以不適用合議制，但是應當由2名以上行政複議人員參加審理。
海關行政複議機構負責人應當指定一名行政複議人員擔任主審，具體負責對行政複議案件事實的審查，並且對所認定案件事實的真實性和適用法律的準確性承擔主要責任。合議人員應當根據複議查明的事實，依據有關法律、行政法規和海關規章的規定，提出合議意見，並且對提出的合議意見的正確性負責。
海關行政複議機構審理行政複議案件應當向有關組織和人員調查情況，聽取申請人、被申請人和第三人的意見;海關行政複議機構認為必要時可以實地調查核實證據;對於事實清楚、案情簡單、爭議不大的案件，可以採取書面審查的方式進行審理。
海關行政複議機構提出案件處理意見，經海關行政複議機關負責人審查批准後，作出行政複議決定。
