在審判實踐中，處理違章建築索賠糾紛，應當堅持實事求是的原則，從對具體案件本身的具體分析出發，根據不同的情況，分別採取不同的方法，應當予以綜合考量的主要因素有：
(一)應當根據違章建築本身的違法程度來具體加以確定。
在現實生活中，違章建築的違法程度各不相同：有的可能程度嚴重，有的可能程度輕微。在處理時，應當根據不同情況，分別作出處理：如果毀損的違章建築，屬於雖然“影響都市計畫，尚可採取改正措施”的情況，只是沒有辦理有關的批准手續，且在訴訟過程中已經辦理了批准手續的，則原則上應當按照毀損合法建築的辦法，對擅自拆除行為造成的全部損失，予以全部賠償。如果毀損的違章建築，嚴重影響都市計畫，有關部門沒有作出限期拆除的處理，或者限期拆除的期限沒有到來，則實質上是擅自拆除行為剝奪了違章建築業主對違章建築的能夠轉移部分的合法轉移權，則原則上應當賠償由擅自拆除行為而擴大的損失，主要表現為由於擅自拆除行為而侵害了業主在限定期限內的合法轉移權而造成的實際損失。如果毀損的違章建築，嚴重影響都市計畫，有關部門已經作出了限期拆除，並且已經到期，則不存在剝奪了違章建築業主對違章建築的合法轉移權的問題，業主不在規定的期限內拆除，應當認定為對合法轉移權的放棄，故擅自拆除的行為人不應當再作賠償。
(二)應當根據毀損行為的法律性質來具體加以確定。
在實踐中，同樣是毀損違章建築的行為，其性質可能有所不同：有的可能是有合法理由的合法行為，有的可能是沒有合法理由的非法行為。如果毀損行為具有合法的理由，雖然造成了實際損失，也不應當由行為人予以賠償，而應當由違章建築的業主對損失自行承擔。如：在擅自建設行為影響了交通、消防、市政設施、房屋維修、綠地、環境保護、防災和相鄰方的居住條件時，擅自拆除行帶有排除妨害行為的性質，不應當承擔賠償責任。如果毀損行為沒有合法的理由，給業主造成了損失，則應當由行為人賠償侵害合法轉移權而實際造成的損失，而不是違章建築的全部損失。
(三)應當根據毀損行為人的過錯程度來具體加以確定。
對違章建築的認定和處理，是行政主管部門的職責和許可權。其他任何公民、法人，都沒有這種職責和權力，都不能以違章建築不合法為由，故意進行毀損。故意毀損違章建築的行為，有其制止擅自建設違法行為的積極的一面;也有本身違法的消極的一面。由於這種擅自毀損的行為，違反了《都市計畫法》的規定，其性質已經構成了民事侵權，因而應當受到適當的民事制裁。這樣做，有利於保護當事人的合法權益，有利於引導當事人通過正當的途徑解決民事糾紛，有利於促進安定團結。
(四)應當根據實際給合法財產造成損失的大小來具體加以確定。
對毀損違章建築行為實際造成的損失，應當作出是合法損失還是非法損失的區分：
(1)應當依法予以保護的合法權益包括：在被毀損的違章建築屬於“影響都市計畫，尚可採取改正措施”的情況下，所體現的權益;對由於擅自拆除行為剝奪了違章建築業主的合法轉移權，而實際擴大的損失;對擅自拆除行為造成的放置於違章建築內的可以轉移的財產的損失等。這些損失是由於擅自拆除行為而擴大的損失，當然應當予以賠償。
(2)依法不應當予以保護的權益包括：由於擅自建設的違法行為而給行為人帶來的利益;以損害他人利益或損害社會公共利益，而給自己帶來的利益等。
《中華人民共和國建築法》第六十四條 違反本法規定，未取得施工許可證或者開工報告未經批准擅自施工的，責令改正，對不符合開工條件的責令停止施工，可以處以罰款。
