工程保證金有訴訟時效限制，適用3年的訴訟時效，自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。
法律依據
《民法典》
第一百八十八條
向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。
