協議離婚的主管機關是民政部門，具體的婚姻登記機關，在城市是街道辦事處或者市轄區、不設區的市人民政府的民政部門;在農村是鄉、民族鄉、鎮的人民政府。在婚姻登記機關中，由持有婚姻登記管理員證書的人員從事協議離婚的登記工作。
持戶口本、身份證、結婚證以及離婚協議書到一方戶口所在地民政局婚姻登記處辦理離婚手續。經常遇到的難題是：雙方離開戶口所在地在外地居住，而居住地民政局一般不受理;離婚協議書不符合要求(一般要包括同意離婚、財產分割和子女撫養三大方面)。注意，並非必須到頒發結婚證的民政局辦理離婚手續。
二、協議離婚的程式有什麼?
(一)當事人申請
1、離婚登記按地域進行管轄;
2、當事人協議離婚的，應到一方戶口所在地的婚姻登記機關申請離婚登記;
3、離婚是一種重要的身份法律行為，當事人離婚，必須雙方親自到婚姻登記機關申請離婚登記，不得委託他人代為辦理。
4、申請時應持雙方的結婚證、戶口簿、居民身份證等證件和證明，以及離婚協議書。
5、離婚協議書應當寫明雙方當事人的離婚意思表示以及關於子女撫養、夫妻一方生活困難的經濟幫助、財產分割及債務處理等協議事項，並由雙
6、方當事人簽字或者蓋章。
(二)婚姻登記機關審查
1、婚姻登記機關應對當事人的離婚申請進行審查，查明當事人所攜帶的證明和證件是否齊全，當事人是否符合登記離婚的條件;
2、婚姻登記機關如查明僅為夫妻一方要求離婚，或者夫妻雙方雖然都同意離婚，但在子女和財產等問題上未達成協議的，婚姻登記機關不予受理。
(三)離婚登記和發給離婚證
1、婚姻登記機關應當對離婚登記當事人出具的證件、證明材料進行審查並詢問相關情況;
2、對當事人確屬自願離婚，並已對子女撫養、財產、債務等問題達成一致處理意見的，應當當場予以登記，發給離婚證。
總之辦理離婚手續是到民政局。協議離婚的程式有當事人提出申請(拿著相關材料到戶口所在地辦理)，婚姻登記機構審查(核查辦理離婚時所攜帶的證件是否齊全)，離婚登記和發放離婚證這三個步驟。
