貸款抵扣購房款協議是否有效，主要看是否符合法律規定的有效要件。我國法律規定，民事法律行為在符合以下條件時，有效：
第一，行為人具有相應的民事行為能力；
第二，意思表示真實；
第三，不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。
因此，如果該協議的雙方當事人具有民事行為能力，意思表示真實，並且該協議的內容不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗時，該協議即為有效。
法律依據：
《中華人民共和國民法典》第一百四十三條 【民事法律行為有效的條件】具備下列條件的民事法律行為有效：
(一)行為人具有相應的民事行為能力;
(二)意思表示真實;
(三)不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。
